Modellus está programado de maneira a executar a sequência de comandos digitados (na forma de equações) na janela de modelo, não apenas uma vez, mas repetidamente, modificando-se a cada repetição o valor de uma variável de controle, ou variável independente. Em linguajar de programação, tal processo é conhecido como execução de um laço.
Usualmente, mas não obrigatoriamente, a variável independente é o tempo t.
Antes de "rodar o programa", é bom configurar alguns aspectos relativos à evolução da variável independente, selecionando a aba Variável Independente, como mostrado na Figura 3.7.1.
Na parte inferior da tela [Figura 3.7.2], encontram-se os comandos de controle da execução, semelhantes aos de um aparelho de vídeo. Note que é necessário trazer o programa de volta ao ponto de partida (Reset) antes de modificar a sua configuração.